Sebagai konsekuensi logis dari pendirian HIS maka para Bruder FIC mendirikan sekolah lanjutannya yang waktu itu disebut MULO (Meer Uitgebreid Lager Onderwijs) di mana di sana dilakukan pengajaran tingkat rendah yang lebih luas. Ditulis dalam buku sejarah: "Sesudah liburan besar tahun 1923 MULO itu dimulai dengan 25 murid. Ruang kelas masih ada." Inilah awal mula adanya SMP Pangudi Luhur 1 Yogyakarta.
Mula-mula Pastor Serikat Yesus (SY) telah mendirikan "Perkumpulan Kanisius" (sekarang Yayasan Kanisius) yang mengelola sekolah-sekolah Katolik di Yogyakarta. HIS dan MULO para Bruder FIC pun bergabung dalam Yayasan Kanisius. Tetapi tanggung jawab untuk urusan persekolahan semuanya diserahkan kepada para Bruder FIC, bahkan kepemimpinan Percetakan Kanisius pun juga diserahkan kepada Bruder FIC. Pada tahun 1925, karena adanya perkembangan, maka MULO harus mencari tempat baru, yaitu di Gondomanan. Namun dalam perjalanan sejarah semakin dirasakan akan kebutuhan untuk memiliki tempat sendiri. Sejarah menulis: "..... sudah jelas MULO membutuhkan gedung sendiri. Maka perlu membangun lagi, lebih-lebih karena dalam bulan Maret 1926 MULO Bruderan disamakan dengan MULO Pemerintah, sehingga ijazahnya akan memberi wewenang yang sama." Maka pada tahun 1927 dibangunlah gedung MULO diantara Bruderan dan HIS (sekarang SD Pangudi Luhur). Bangunan itu amat kuat, berlantai dua dan terdiri dari 8 (delapan) ruang kelas dan 2 (dua) ruang khusus. Bangunan itu sekarang digunakan untuk SMA Pangudi Luhur Yogyakarta.
"Januari 1928 MULO menempati gedungnya sendiri; 2 Februari diadakan Pemberkatan Liturgis. Pada 3 Februari diadakan pembukaan resmi. Betapa pentingnya MULO Bruderan dibuktikan dengan jelas sekali karena tamu agung yang menghadiri upacara pembukaan. Paduka Yang Mulia Sri Sultan Abdurahman Hamengkubuwana VIII sendiri datang. Disamping tamu yang mulia itu maka tamu dari pihak Belanda tidak begitu penting: residen, asisten-asisten dan Tuan Inspektur MULO. Sampai Perang Dunia II, MULO Kidulloji menjadi sekolah kebanggaan masyarakat Katolik di Yogya. Bahkan pada zaman krisis, ketika pemerintah merasa perlu membatasi penerimaan murid baru, Yogya masih dapat mempertahankan dua kelas satu. Tahun 1936 bahkan diputuskan untuk melengkapi MULO dengan asrama."
Pada masa penjajahan Jepang kekuasaan Belanda runtuh. Sekolah-sekolah misi ditutup dan gedung-gedung mengalami kerusakan. Para Bruder Belanda diinternir/ditahan di beberapa kota. Tinggal dua orang Bruder tinggal di bekas asrama MULO. "Bulan Maret 1942 segala macam sekolah Eropah dibubarkan.... MULO itu hilang, karena sekolah Menengah Katolik tidak diperbolehkan. Kemudian tentara Jepang mengambil alih semua bangunan...." Pada tahun 1945 tentara Nippon mulai lunak dalam tindakannya. Hal ini memberi peluang untuk mencari lagi MULO yang hilang. Gedung-gedung yang dahulu diambil alih Jepang dalam bulan Juli 1945 bisa didapatkan kembali, walau ruang-ruang kelas menjadi kosong. "Terlebih dahulu gedung MULO dibersihkannya enam ruang, di bawah ditentukan untuk Sekolah Rakyat sempurna, dan di ruang atas untuk Sekolah Menengah...." "Akhirnya pada akhir bulan Oktober sekolah dapat dibuka lagi. Bebrapa guru masih takut karena kampung mereka belum cukup aman..."
